Toàn bộ checklist

Đây là tờ khai phải nộp đều kể cả khi không có doanh thu. Phần lớn tiền phạt của các công ty bỏ không đến từ việc bỏ nộp tờ khai này nhiều kỳ liên tiếp, phạt tính theo từng tờ khai.

Phạt chậm nộp tờ khai theo số ngày, khung với tổ chức từ vài triệu đến khoảng 25 triệu mỗi tờ khai; quá 90 ngày có thể bị xem là trốn thuế. Đây là nguồn phạt lớn nhất của công ty bỏ không.

Công ty đang khai theo tháng hay quý? Tờ khai gần nhất nộp ngày nào? Có kỳ nào bị bỏ trống không?

Lỗ vẫn phải nộp hồ sơ quyết toán và báo cáo tài chính. Đây là bộ hồ sơ mà ngân hàng, đối tác lớn, nhà đầu tư sẽ hỏi đến, nên nộp trễ hay nộp không khớp đều để lại dấu vết.

Phạt chậm nộp hồ sơ quyết toán và báo cáo tài chính, mỗi loại phạt riêng; ngân hàng, đối tác lớn từ chối hồ sơ vay, đấu thầu khi không có báo cáo tài chính đã nộp.

Hồ sơ quyết toán và báo cáo tài chính năm trước đã nộp chưa, có biên nhận không? Số liệu có khớp giữa các báo cáo không?

Ngưỡng bắt buộc chuyển khoản để được khấu trừ thuế và tính chi phí đã hạ xuống thấp hơn nhiều so với trước. Chi bằng tiền mặt, hoặc nộp tiền mặt vào tài khoản người bán, cho hoá đơn trên ngưỡng là mất quyền khấu trừ.

Mất quyền khấu trừ thuế giá trị gia tăng và bị loại chi phí cho toàn bộ hoá đơn trên ngưỡng trả bằng tiền mặt. Truy thu cả hai loại thuế cộng phạt 20% và chậm nộp.

Ngưỡng hiện hành là bao nhiêu? Quy trình mua hàng có chặn thanh toán tiền mặt trên ngưỡng không? Nhiều hoá đơn nhỏ cùng ngày cùng nhà cung cấp xử lý sao?

Công ty dùng dịch vụ nước ngoài như máy chủ đám mây, quảng cáo, phần mềm thuê bao, trí tuệ nhân tạo thường trả bằng thẻ và không kê khai gì. Khi kiểm tra, cơ quan thuế đối chiếu dòng tiền ra nước ngoài và truy thu. Quy định về trách nhiệm khấu trừ của bên mua vừa thay đổi giữa năm 2026, cách áp dụng đang được thảo luận.

Truy thu thuế nhà thầu trên toàn bộ tiền đã trả ra nước ngoài trong thời hiệu, cộng phạt 20% và chậm nộp; chi phí tương ứng có thể bị loại. Thường là khoản truy thu lớn nhất với công ty công nghệ.

Đã lập danh sách toàn bộ nhà cung cấp nước ngoài đang trả tiền chưa? Nhà cung cấp nào đã đăng ký thuế tại Việt Nam, nhà cung cấp nào chưa? Công ty có kê khai và nộp thuế nhà thầu cho khoản nào không?

Trường hợp phổ biến nhất hiện nay: mua ChatGPT, Claude, Google Workspace, Microsoft 365, quảng cáo Meta, Google. Các nhà cung cấp này đã đăng ký thuế tại Việt Nam và tự kê khai, nên công ty không phải khấu trừ thuế nhà thầu thay. Nhưng công ty chỉ nhận được invoice, không có hoá đơn giá trị gia tăng Việt Nam và không có chứng từ nộp thuế thay, nên không đủ điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Khoản chi vẫn được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp nếu đủ hồ sơ. Cơ quan thuế địa phương đã có văn bản trả lời theo hướng này cuối tháng 8/2026 cho trường hợp ChatGPT Business. Hai kết luận này độc lập, kế toán hay gộp thành một.

Hai kiểu sai ngược nhau: khấu trừ thuế giá trị gia tăng cho các khoản này là khấu trừ sai, truy thu cộng phạt 20% và chậm nộp trên toàn bộ thuê bao nhiều năm; tự loại khỏi chi phí vì 'không có hoá đơn' là nộp thừa thuế thu nhập doanh nghiệp không cần thiết. Công ty công nghệ có hàng chục thuê bao loại này nên số tích luỹ lớn.

Danh sách thuê bao nước ngoài của công ty, nhà cung cấp nào đã đăng ký thuế tại Việt Nam (tra trên cổng nhà cung cấp nước ngoài của cơ quan thuế)? Với các khoản đó, kế toán có đang khấu trừ thuế giá trị gia tăng không (sai)? Có đang tự loại khỏi chi phí không (thiệt)? Mỗi khoản đã lưu đủ 5 loại hồ sơ: invoice, hợp đồng hoặc điều khoản dịch vụ, chứng từ thanh toán, tài liệu chứng minh dùng cho kinh doanh (tài khoản gắn nhân viên, mục đích), hồ sơ thuế nhà thầu nếu có?

Chủ sở hữu có từ hai công ty trở lên, giữa các công ty có mua bán dịch vụ, cho vay, dùng chung nhân sự hay văn phòng, thì đó là giao dịch liên kết. Phải kê khai phụ lục kèm quyết toán, có thể phải lập hồ sơ xác định giá, và chi phí lãi vay bị khống chế. Ít công ty nhỏ biết mình thuộc diện này.

Không kê khai phụ lục là phạt riêng; cơ quan thuế được ấn định giá giao dịch, điều chỉnh tăng thu nhập chịu thuế, loại chi phí lãi vay vượt trần. Truy thu thường lớn và kéo dài nhiều năm.

Công ty có giao dịch với công ty nào cùng chủ sở hữu, cùng người điều hành không? Đã kê khai phụ lục giao dịch liên kết chưa?

Một công ty có thể bán nhiều thứ chịu thuế suất khác nhau: phần mềm thuộc nhóm không chịu thuế, thiết bị chịu thuế suất phổ thông, dịch vụ cho khách nước ngoài có thể được 0% nhưng điều kiện đã siết lại từ luật mới, một số nhóm còn được giảm thuế suất tạm thời theo nghị quyết từng năm. Áp sai một nhóm là sai cả chuỗi hoá đơn, kê khai và khấu trừ đầu vào.

Áp sai một mã sản phẩm là sai hàng loạt hoá đơn nhiều kỳ: truy thu thuế đầu ra cộng phạt 20%, phải điều chỉnh hoá đơn với từng khách hàng.

Đã lập bảng thuế suất cho từng mã sản phẩm, dịch vụ đang bán chưa? Hàng bán kèm dịch vụ (thiết bị đi kèm phần mềm) đang tách hay gộp thuế suất? Có khoản nào đang áp 0% cho khách nước ngoài không, có đủ điều kiện không?

Có nhiều diện ưu đãi mà công ty nhỏ hay bỏ lỡ hoặc áp sai: ưu đãi cho sản xuất sản phẩm phần mềm, ưu đãi cho doanh nghiệp nhỏ và vừa mới thành lập, ưu đãi cho doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo theo nghị quyết năm 2025, chuyển lỗ sang các năm sau. Mỗi diện có điều kiện riêng về ngành, hồ sơ, thời gian, và có diện không được cộng dồn với nhau.

Bỏ lỡ ưu đãi là nộp thừa nhiều năm không lấy lại được hết. Áp ưu đãi khi không đủ điều kiện là truy thu toàn bộ số thuế được miễn cộng phạt và chậm nộp.

Công ty có thuộc diện ưu đãi nào không? Đã xác định năm bắt đầu tính ưu đãi chưa? Có hồ sơ chứng minh đủ điều kiện (ví dụ xác nhận sản phẩm phần mềm) không? Lỗ các năm trước đã đăng ký chuyển chưa?

Muốn hưởng ưu đãi thuế cho phần mềm thì phải chứng minh công ty thật sự sản xuất phần mềm theo quy trình 7 công đoạn: xác định yêu cầu; phân tích và thiết kế; lập trình viết mã; kiểm tra thử nghiệm; hoàn thiện đóng gói; cài đặt, chuyển giao, bảo hành bảo trì; phát hành phân phối. Điều kiện tối thiểu là thực hiện ít nhất một trong hai công đoạn đầu và có tài liệu cho từng công đoạn đã làm. Doanh nghiệp tự xác định, tự chịu trách nhiệm và gửi thông tin về bộ quản lý ngành để tổng hợp. Đội kỹ thuật thường có đủ tài liệu nhưng nằm rải rác, không ai gom theo đúng khung này, đến khi bị kiểm tra mới lục lại.

Không chứng minh được thì mất toàn bộ ưu đãi thuế cho phần mềm của cả giai đoạn, truy thu số thuế đã miễn cộng phạt 20% và chậm nộp tính từ nhiều năm trước.

Ai đang giữ hồ sơ theo 7 công đoạn cho từng sản phẩm phần mềm? Tài liệu yêu cầu, thiết kế, kế hoạch kiểm thử, biên bản bàn giao có lưu theo sản phẩm không? Đã gửi thông tin về bộ quản lý ngành chưa?

Chi phí có thật, có trả tiền, không đồng nghĩa với chi phí được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Phải đủ 3 điều kiện: phục vụ kinh doanh, có hoá đơn chứng từ hợp lệ, thanh toán không dùng tiền mặt trên ngưỡng. Kế toán thường chỉ hạch toán mà không phân loại, đến quyết toán mới gạt đại hoặc gạt thiếu. Dấu hiệu đáng lo: chỉ tiêu chi phí không được trừ trên tờ khai quyết toán bằng 0 nhiều năm liên tiếp. Luật mới từ kỳ tính thuế 2025 có thay đổi danh mục, thêm khoản được trừ (chi nghiên cứu phát triển, chuyển đổi số) và sửa một số khống chế.

Chi phí bị loại khi kiểm tra là khai thiếu thuế: truy thu cộng phạt 20% và chậm nộp trên toàn bộ phần bị loại, tính cho nhiều năm trong thời hiệu.

Có danh sách bằng văn bản các khoản chi bị loại năm gần nhất kèm lý do không? Chỉ tiêu chi phí không được trừ trên tờ khai quyết toán các năm là bao nhiêu? Kế toán có rà theo quý hay chỉ làm lúc quyết toán?

Đây là những khoản gần như công ty nhỏ nào cũng có và gần như lần kiểm tra nào cũng bị hỏi: (1) dịch vụ nước ngoài trả bằng thẻ, không hoá đơn, chưa nộp thuế nhà thầu thay; (2) chi phí do giám đốc hoặc nhân viên trả bằng thẻ cá nhân mà không có quy chế uỷ quyền và chứng từ hoàn ứng; (3) thuê nhà, thuê xe của cá nhân không có hợp đồng, không chứng từ thanh toán, không kê khai nộp thuế thay khi vượt ngưỡng; (4) chi từ 5 triệu trả tiền mặt; (5) phúc lợi trực tiếp cho nhân viên (du lịch, sinh nhật, hiếu hỉ) vượt mức khống chế theo lương bình quân; (6) trang phục chi bằng tiền vượt mức; (7) lãi vay của cá nhân vượt mức trần, hoặc lãi vay tương ứng phần vốn điều lệ chưa góp đủ; (8) khấu hao tài sản không có hoá đơn, không đứng tên công ty, xe dưới 9 chỗ phần giá vượt ngưỡng; (9) tiền phạt vi phạm hành chính, tiền chậm nộp thuế; (10) lương, thưởng chưa chi đến hạn nộp quyết toán, thưởng ngoài quy chế; (11) mua hàng của cá nhân không có hoá đơn mà không lập bảng kê theo mẫu; (12) chi không có hoá đơn, chỉ có phiếu chi nội bộ. Mỗi khoản đều có cách xử lý đúng nếu làm từ đầu; làm sau thì phần lớn không cứu được.

Mỗi khoản bị loại là khai thiếu thuế thu nhập doanh nghiệp: truy thu 20% giá trị khoản chi (theo thuế suất) cộng phạt 20% số thiếu cộng chậm nộp 0,03% mỗi ngày. Các khoản này lặp lại hằng tháng nên số truy thu tích luỹ nhiều năm thường lớn hơn dự tính.

Đi từng khoản trong 12 khoản, công ty có khoản nào không? Khoản đó đang được hạch toán là chi phí được trừ hay đã tự loại? Với khoản còn cứu được (bổ sung hợp đồng, quy chế, chứng từ hoàn ứng, kê khai thuế thay), đã làm chưa?

Không phải hoá đơn đầu vào nào cũng khấu trừ được. Không khấu trừ khi: đầu vào phục vụ hoạt động không chịu thuế (ví dụ công ty bán phần mềm thuộc nhóm không chịu thuế thì đầu vào dùng riêng cho phần mềm không được khấu trừ, đầu vào dùng chung phải phân bổ theo tỉ lệ doanh thu), thiếu chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, hoá đơn từ doanh nghiệp bỏ trốn hoặc rủi ro, hoá đơn sai tên hay mã số thuế người mua, xe ô tô dưới 9 chỗ phần giá vượt ngưỡng, dịch vụ nước ngoài chưa nộp thuế nhà thầu thay. Phần không được khấu trừ có thể tính vào chi phí nếu đủ điều kiện, nhưng phải tách ra đúng.

Khấu trừ thừa là truy thu đúng số đã khấu trừ sai cộng phạt 20% và chậm nộp. Với công ty có hoạt động không chịu thuế mà khấu trừ toàn bộ đầu vào, số truy thu thường lớn.

Công ty có hoạt động không chịu thuế giá trị gia tăng không? Nếu có, đầu vào dùng chung đang phân bổ theo tỉ lệ nào, tính lại cuối năm chưa? Có danh sách hoá đơn đầu vào không được khấu trừ kèm lý do không? Phần không được khấu trừ đã chuyển sang chi phí đúng cách chưa?